バージョン4.3メインストーリーは約3000年前の「ウルベア地下帝国」が舞台ということで、ガタラ外伝クエストをクリアしないと矛盾が発生するのか、以下のクエストクリアをクリアしないと進められません。
◆ガタラ外伝クエスト
No.87 いにしえの皇子
No.88 憎しみは時を超えて
No.89 カルサドラの赤き計略
No.90 終わりを告げる者
No.91 託された希望
3キャラのうち1キャラ、多分やってないのでやらなくては（3キャラとも4.2終わってます）。
実はバージョン3の途中でも関連する場所へ行ったのですが、ガタラ外伝クエストクリアは必須ではなかったんですよね。どうやって行くのか忘れましたが、確かに、クリアしてなくても矛盾はしない内容だったと思います。
大型アップデート予告映像（動画）を見ていたら、「いにしえの皇子」の人がバージョン4.3メインストーリーに登場するようなので、その関係で矛盾が発生するのかも・・・というか、そうなのでしょう。